又是培养未来军政干部的摇篮，谁争取到更多的学生就意味着争取到了未来，因此从一开始双方就在发展党员和支持者上展开了激烈竞争。每个黄埔学生都不可避免地卷入这种政治选择的漩涡之中，那些新来的学生没多久就会碰到这种选择和政治动员，许多人会同时收到两党动员发展入党的表格。对这两个党究竟是怎么回事，大多数学生在那时肯定说不清各自的宗旨，更说不上两党的区别。如第1期学生杜聿明同时手接两张不同的表格，他略微想了一下，把目光聚焦到了“共产”这两个字上，多年后他在回忆文章中说，他想了半天，没明白“共产”的意思，后来他对“共产”的理解，认为可能是把他老家里的财产归大家所有。把家中财产给别人，他可舍不得。就因为对这两个名称的肤浅理解，杜聿明决定还是先加入国民党，看看情况再说。另外，他又从直觉上判断，国民党是孙中山的党，不会有错，于是就填了国民党发给的那张表。不过，杜聿明可能没想到，在同他加入国民党组织差不多的时间里，他在家乡读书的未婚妻曹秀清选择的却是共产党，正在陕西榆林中学校园内举起右手，向着斧头镰刀的图案和列宁像宣誓。
黄埔第1期学生徐向前回忆说：“第一次上课是填表，集体加入国民党。大家毫无思想准备，想不到参加国民党的手续这么简单，一堂课下来，都成了清一色的国民党党员了。后来一些同志都把这件事当笑话说。”（徐向前著《历史的回顾》，第27～28页，北京，解放军出版社，1988）
黄埔军校的国民党组织拥有蒋介石支持之便和主义宣传之便，国民党是孙中山的党，黄埔的校歌里就是校总理孙中山的主义，他们发展党员嫌这样一个个去找人入党太麻烦，就干脆在课堂上把入党登记表当成作业发了下去，规定每个人都要填好。教官说的道理很简单：你不是想当革命军人吗，那你就得先是革命党人。于是大家都填了表，集体加入国民党，包括共产党员。当然，学生中也有不少人在那时对政治和主义之争不甚感兴趣，虽然被发展为党员，但却并无鲜明而强烈的政治意向。由于中共中央早有决议：共产党员可以个人身份加入国民党。毛泽东、谭平山早就入了，都在国民党中执委当部长，这是大家都知道的事。所以，共产党在早期黄埔军校中就有了很强的渗透力。又由于军校内有着强大的国民党左翼环境影响，共产党与国民党在黄埔军校争取学生能平分秋色。在黄埔一期学生中，原来有共产党员身份的人又填表加入了国民党，而单独新填表加入共产党的人也有不少。周恩来到校工作后，中共党员人数又有了新的发展。
由于蒋介石从黄埔军校建立开始，就一步步对共产党紧逼，后发展成为清党活动，使得共产党的发展被迫转入地下，而双方的矛盾却开始公开化，接连不断地出现了党争的事端。
“两会”的斗争与解散
黄埔军校建立后，由于中国共产党领导的反帝反封建斗争的迅猛发展，其影响迅速扩大，统一战线内部资产阶级与无产阶级争夺领导权的斗争日益明显复杂，反映在军校内部革命势力与反动势力的斗争也随之尖锐起来。军校内部的斗争，集中反映在“青年军人联合会”和“孙文主义学会”两大组织之间的斗争问题上。
“青年军人联合会”的前身，是1924年八九月间成立的以团结青年军人、挽救时局为宗旨的“中国青年军人代表会”，会址设在国民党中央党部。这是针对广州商团反动势力日益强大的形势，由黄埔一期“状元”、共产党员蒋先云提出来的。1925年1月23日，“中国青年军人代表会”改组成“青年军人联合会”(简称“青军会”)，2月1日召开成立大会，宣告“青军会”正式成立。“青军会”的宗旨，是以团结广大革命军人，坚决执行孙中山的三大革命政策，积极巩固革命统一战线，配合军校的中心任务，开展各种革命活动。“青军会”是在周恩来指导下的，由共产党员和社会主义青年团员为核心，组成的革命群众组织。黄埔军校有8名学生当选为“青军会”干部，其中李之龙、蒋先云、王一飞等6人是共产党员。当时“青军会”最主要的负责人，是常务委员蒋先云。他们把所有驻扎在广州的、倾向于革命的青年军人联合起来，以联合的革命军人，来对付联合的反革命商团。在打击陈炯明的斗争中，“青军会”得到广大青年军人的热烈支持和拥护，参加者甚众，迅速发展壮大，成立1年多时间，会员发展了2万余人，还把教职员中的左派和共产党员金佛庄、郭俊、茅延桢、鲁易等人发展成了会员。
由于共产党员在“青军会”中起了主要领导作用，蒋介石有了危机感。黄埔军校中的右派分子，慑于“青军会”的声威，对共产党员、国民党左派在“青军会”中占据主导地位更是极为不满，于是开始筹备一个与“青军会”分庭抗礼的右派组织。在蒋介石的指使与支持下，于4月间由王伯龄、冷欣、贺衷寒、杨引之等人成立了“中山主义研究社”，当时社员只有30多人。12月底正式召开成立大会，改名为“孙文主义学会”，会员发展至400多人。1926年2月，正式选举出领导机构，冷欣、杨引之、陈诚等9人为执行委员，贺衷寒等5人为候补执委，王伯龄为其后台，躲在幕后操纵指挥。后发展会员5000多人，教职员中的右派何应钦、林振雄、张叔同等人也成了会员。
“孙文主义学会”是以国民党中反共分子为骨干，以反对共产党，反对国共合作，反对三大政策为宗旨的一个右派组织，是蒋介石打击排挤共产党人，篡夺黄埔军校、第1军乃至整个国民革命军党权军权的先锋和工具。它的成立，形成以“青军会”为一方，以“孙文主义学会”为另一方，围绕着是否坚持统一战线和三大政策等问题，开展了争论。
两个组织的出现，使黄埔岛上结成了相互对立的阵营。两个组织的学生不时争吵摩擦，甚至恶语相向。在那时的黄埔军校，如果看到两伙学生吵架斗嘴的场面，不用问就知道，这是“两会”的人又碰到一起了。后来发展到整天剑拔弩张，甚至动刀动枪，轰动黄埔军校的枪击事件就在这时发生了。
黄埔军校时期的许继慎1925年5月的一天，军校政治部秘书、共产党员、中国青年军人联合会成员李汉藩、陈作为持一张清单，奉命到军校管理处领取办公用品。一名办公室人员看过后，把清单送到军校管理处长、孙文主义学会执委会成员林振雄面前，请他过目。林振雄拿起领物清单，带有情绪地说：“你们政治部，又要领这么多彩色纸回去做什么，难道能当票子花？”李汉藩不想多与他纠缠，便说：“我们要印刷传单，过几天开会用。”林振雄又追问：“印什么传单？”李汉藩不客气地说：“印什么传单，这是政治部的工作机密，没有必要告诉你！”“什么工作机密，还不是统统用做赤化宣传了！”林振雄“哗”的一声将领物清单撕得粉碎，扔在地上。
李汉藩一拳砸在桌子上，厉声道：“林振雄，有意见到校长跟前去提，别在这里撒野！”“老子今天还要揍你们这些专搞赤化的共产党崽子！”林振雄说着，一拳打在李汉藩的胸脯上。李汉藩回手给林振雄脸上就是一拳。气恼之下，林振雄趁李汉藩不备，突然拔出随身佩带的手枪，对着李汉藩就是一枪。李汉藩身子一侧，躲过了子弹。待林振雄举枪再要射击时，陈作为和办公室里其他人员从后面一把抱住林振雄持枪的右手，第二颗子弹这才没有打出去。
枪声惊动了整个黄埔军校。周逸群、杨其纲、许继慎等10余名共产党员以最快速度冲进管理处办公室，合力把林振雄按倒在地，果断下了他的枪，愤怒地找来一条长麻绳，将林振雄双手捆住，径往军校禁闭室里推去。到了军校禁闭室，李汉藩令人把禁闭室的门打开，说：“先把他关进去，听候校领导来处理。一切责任由我个人承担。”
黄埔军校内，中国青年军人联合会会员和孙文主义学会的成员都紧急出动了，双方都拿出了武器。青军会方面派出一部分人去把守军校禁闭室，孙文主义学会的成员们则集合在一处，双方的火并一触即发。
这时，蒋介石、廖仲恺、周恩来等校领导恰好都不在校内，总值日官张治中火速集中军校各部主任、学生队长开会，制止事态的进一步发展。正在广州的廖仲恺，闻讯匆匆赶回后，以黄埔军校党代表的名义，作出了对林振雄、李汉藩二人的处理决定：林振雄身为官长，公然开枪行凶，虽未造成事实，但性质特别严重，给予撤销管理处长职务交军法处查办之处分；李汉藩与林振雄发生斗殴，并在遭受枪击后，恃众擅将林振雄缚入禁闭室关押，亦属藐视法律，给予行政记大过的处分。
廖仲恺对林、李二人的处理是非清楚，轻重有别，令全校师生心服口服，事态很快平息下来。但军校中国共两党组织成员之间的斗争，并未减弱。
校长蒋介石表面上对“两会”不偏不倚，貌似公允，实际上对“青军会”怀恨在心。直到黄埔系统选举出席国民党“二大”代表，选举结果一出来，蒋介石大吃一惊，当选的几乎全是“青军会”的共产党员，而孙文学会的人几乎全部落选。蒋介石意识到了问题的严重性。1925年7月1日，中华民国国民政府在广州成立，汪精卫任主席，蒋介石除早已任黄埔军校校长外，先后任广州卫戍司令、第1军军长、国民革命军总司令，他的羽翼渐丰，开始准备了结军校内的党争问题。12月，蒋介石在第1军政治部各级党代表会议上，提出了《调和本校党争办法》，规定校内共产党员的一切活动“均得公开”。这实际上是为了加强对共产党员的控制。会后，蒋介石要周恩来把黄埔军校和第1军中的共产党员名字都告诉他，遭到拒绝。
中国共产党人与蒋介石展开了顽强的斗争。为了争夺黄埔军校的生源，中共中央在1925年11月1日发出第62号通告，对各级党组织发出号召：“广州黄埔军校正拟招收三千名入伍生，望各地速速多选工作不甚重要之同学，少校同学及民校左派同学，自备川资和旅费，前往广州投考，以免该校为反动派所据。此事关系甚大，各地万勿忽视。投考者须一律携带民校介绍证书。本校及少校同学均须由各地委直接另给介绍书于本校广东区委。”下面的署名为“钟英白”，即“中央”的谐音“告白”，文中也使用了代号，“本校”指“共产党”，“少校”指“共青团”，“民校”指“国民党”。从这份文告中，已经显露出国共两党相争于黄埔军校的激烈程度，党争的火药味也越来越浓。
与此同时，蒋介石也加快了在黄埔军校内排除共产党势力的步伐，使党争更加公开化。“孙文主义学会”成员的气焰更加嚣张，他们盗窃共产党人的文件，不断制造殴打和枪击“青军会”会员事件。1926年4月7日，蒋介石以“两会”组织破坏了黄埔的统一，“于集体化、纪律化之旨相妨碍”为借口，下达了“一律自行取消”的校令。4月10日，“青军会”被迫发表通电，宣布自行解散。21日，“孙文主义学会”也发表了解散宣言。
“中山舰事件”
就在黄埔军校“青军会”和“孙文主义学会”闹的不可开交时，1926年3月20日，当时任海军局长兼“中山舰”舰长的军校一期生、共产党员李之龙及其他共产党人遭到逮捕，军校党争问题发展到白热化状态，这就是以蒋介石为代表的军校反共势力蓄谋已久的“中山舰事件”。
黄埔军校时期的李之龙本来此时的广州革命根据地处于继续大发展时期，国共合作，正共谋北伐。1925年8月，广州国民政府将所属各军改组为国民革命军。国民政府军事委员会下设海军局，同时撤销原建国粤军总司令部航务处。海军局长为苏联顾问斯美洛夫，参谋厅长为欧阳琳，政治部主任为李之龙。此时的“中山舰”归海军局管辖。不久，正式组成广东舰队，至1926年12月，广东舰队共有60多艘小型舰船。
李之龙是黄埔一期生中的佼佼者，1921年加入共产党，是中国青年军人联合会负责人。他入黄埔前曾在烟台海军学校学习，因此毕业后到海军中任职。当时，海军局下的各舰，除舰长外都设党代表，共产党员和一些进步分子也加入到海军队伍，推动了各种革命活动。苏联顾问常到海军俱乐部给官兵讲政治、军事，传播进步思想。所以，在黄埔军校中即已是出类拔萃的李之龙，得天独厚地被重用为海军局政治部主任，授少将衔。1926年2月，海军局长斯美洛夫因事返苏，由欧阳琳代局长。蒋介石的亲信、海军学校副校长欧阳格欲驱逐欧阳琳以自代，欧阳琳弃职而去，但欧阳格也未能当上局长。3月，李之龙被任命为代理海军局长和参谋厅长，并兼“中山舰”舰长，军衔由少将晋升为中将。
这时广州的国民政府、国民革命军严重的内部矛盾日益表面化、尖锐化。国民党左派和共产党力主北伐，贯彻孙中山三大政策，而西山会议派、孙文主义学会等国民党右派则背叛三大政策，排斥共产党。处于要害职位的汪精卫和蒋介石，既有政争，也有权争。在各种力量交锋中，1925年8月，著名的国民党左派人士廖仲恺被国民党右派指使的暴徒所暗杀。
当时各派力量也向“中山舰”渗透，国民党右派欧阳格曾阴谋策动舰上部分人员劫舰他驶，事为刚上任局长的李之龙所悉，带宪兵上舰逮捕欧阳格同伙13人，并调两个班的士兵驻舰设防。李之龙还查知蒋介石的同学、虎门要塞司令陈肇英的走私行为，并报告汪精卫。根据汪精卫的旨意，李之龙拘留了陈肇英的走私船，后陈受到处分。李之龙的所作所为，均使蒋介石不满，并势在必除之。
1926年3月14日，李之龙因公务繁忙，辞去“中山舰”舰长一职，由副舰长章臣桐代理舰长。此时，“中山舰”停泊于广州市区内水域，在广南船坞修理汽笛。3月18日午后6时许，在广东海边之“定安”号火轮遭海匪抢劫，停泊在黄埔上游。黄埔军校校长办公室主任孔庆睿、管理科科长赵锦雯等商议派舰前往保护。但军校本身无舰可派，军校交通股黎时雍乃向军校驻省办事处请求“速派船来”，但并未指明提出要“中山舰”支援。办事处的交通股股长兼办事处主任欧阳钟知讯后，乃亲往海军局联系派舰。恰李之龙因公外出，由作战科科长邹毅面允，即派舰前往黄埔。
此后，据欧阳钟自称，他“于是即返办事处”。而海军局的《值日官日记》则称：“因李代局长电话不通，无从请示办法，故即着传令带同该员面见李代局长，面商一切。”又据李之龙夫人报告：当夜，有3人到李之龙家，因李仍不在，由李之龙夫人接待，“中有一身肥大者”（即欧阳钟）声称“奉蒋校长命令，有紧急之事，派战斗舰两艘开赴黄埔，听候蒋校长调遣”，同时又交作战科邹科长一函，中称已通知“宝璧舰”预备前往，其余一艘，只有“中山”、“自由”两舰可派，请由此两舰中决定一
《黄埔军校史料》封面《黄埔军校史料（续篇）》封面
艘。李之龙归来阅信后，即去对门和“自由舰”舰长谢崇坚商量，因“自由舰”刚从海南回省，机件稍有损坏，李之龙决定派“中山舰”前往，即下令给该舰代舰长章臣桐。是夜10时余，黄埔军校校长办公厅秘书季方接到欧阳钟的电话，据称，向海军局交涉之兵舰，当晚可来一艘（即“宝璧舰”），约夜12时到黄埔，请嘱步哨不要误会。季方当即询问因何事故调舰，抑奉何人之命交涉。答称：系由本校黎股员时雍电话嘱咐，请保护商轮之用。
19日晨6时，“宝璧舰”出珠江口。7时，“中山舰”出珠江口。同日晨，海军局参谋厅作战科科长邹毅要求欧阳钟补办调舰公函，欧阳钟照办。公函称：“顷接黎股员电话云：奉教育长谕，转奉校长命，着即通知海军局迅速派兵舰两艘开赴黄埔，听候差遣等因，奉此，相应通知贵局迅速派兵舰两艘为要。”“中山舰”于上午9时开抵黄埔后，代理舰长章臣桐即到军校报到，由季方委派副官黄珍吾代见。章出示李之龙命令，说：派“中山舰”火急开往黄埔，归蒋校长调遣。该舰长来校，乃为请示任务。并称：若无十分重要事情，则令其回省，另换一小舰来候用。黄珍吾当即报告邓演达，邓谓并无调舰来黄埔之事，但他“公事颇忙”，让黄转知该舰长听候命令。
当时，以联共（布）中央委员布勃诺夫为团长的苏联使团正在广州考察。“中山舰”停泊黄埔期间，海军局作战科邹科长告诉李之龙，因俄国考察团要参观“中山舰”，俄顾问询问“中山舰”是否还在本地。李之龙即用电话告知蒋介石俄国考察团参观之事，请示可否调“中山舰”返回广州市区，在得到蒋介石的同意后，李之龙便电调“中山舰”回广州。
在此需要指出的是，军校驻省办事处主任欧阳钟是之后随即发生的“中山舰事件”的重要干系人物。此人是江西宜黄人，1925年5月任黄埔军校代理辎重队长，不久改任少校教官，其后又改任管理科交通股股长兼军校驻省办事处主任。他是孙文主义学会骨干，海军军官学校副校长欧阳格之侄子。了解了他的这一身份，有助于了解“中山舰事件”的真相。如欧阳钟明明去了李之龙家里，他却在事后隐匿有关情节。他在海军局和李之龙夫人面前声称“奉蒋校长命令”调舰，而在给作为校长办公厅秘书的季方的电话里，却只能如实陈述。在给海军局的公函里，他清楚地写着要求“迅速派兵舰两艘”，而在事后所写的报告和供词中，又谎称只是“请其速派巡舰一二艘”，有意含糊其辞。
由此看来，蒋介石起初也并未参与将“中山舰”调到黄埔一事，只是在接李之龙电话请示将“中山舰”调回广州供苏联代表团参观时，才知“中山舰”已调至黄埔。而在李之龙打电话前，蒋介石接到汪精卫或其他人的3次电话，问蒋介石去不去黄埔。蒋对汪本存芥蒂，心中颇为“稀奇”。在李之龙来电话后，更为犯疑，“为什么既没有我的命令要中山舰开去黄埔，而它要回来为什么要问我？这究竟是怎么回事？”多疑的蒋介石在日记中说，这是“欲摆布陷害我了”。这时，孙文主义学会的右派分子还在19日向蒋介石控告，说李之龙“已出动中山舰逮捕校长，夺取军火”，还说，“要把校长骗上中山舰送到俄国去，中山舰升火待发的关头，被我们发觉了”。蒋介石于是判定有人在“摆布陷害”他，起初他决定马上离开广州到汕头去，行至半途又不甘心，返回广州，决定采取先发制人的手段。蒋介石及其一伙紧急策划，散布共产党“矫命”调动“中山舰”搞暴动，企图进行倒蒋，推翻国民政府。
3月20日凌晨，蒋介石在第1军经理处下达命令：广州戒严；任命欧阳格为海军舰队司令，逮捕李之龙，占领“中山舰”；派兵包围省港罢工委员会，收缴工人纠察队枪支，搜查苏联顾问团卫队武装。早就对李之龙恨之入骨的欧阳格带兵到文德楼，将李之龙从床上抓走。6时，欧阳格、陈策带兵占领“中山舰”。10时，召集各舰舰长开会，宣布奉令扣押“中山舰”舰长和党代表，有些人还被戴上了手铐。苏联顾问嘉列里赶到“中山舰”，欧阳格不许其上舰。蒋介石等同时还派亲信舰只泊于珠江口，对其余舰只进行控制、检查。广州海军中的共产党员、共青团员及国民党左派均被驱走，海军被蒋所控制。蒋任命潘文治为代理海军局长，吴嵎为“中山舰”舰长。
《聂荣臻回忆录》封面这就是震惊全国的“中山舰事件”，又称“三·二〇事件”。
聂荣臻时任黄埔军校政治部秘书，他在《回忆录》中记述了“中山舰事件”，说：“那天是星期天，早晨，我还不知道发生了什么事情，正从黄埔坐船去广州。我们的船快到广州时，就听到中山舰上有人喊，叫把船靠拢。船一靠拢，就叫人们都上舰。我到了舰上一看，都是些共产党员，大家都不讲话，我晓得有事变了。我们被软禁在舰上的时间不长，当天下午就释放了……怎么办？是把蒋介石搞掉，还是退让妥协？蒋介石提出的条件是：第一，共产党员退出第1军；第二，不退出的要交名单。周恩来同志回来向我们传达，中央决定接受蒋介石的条件。于是我们有些同志退出了军队，恩来等同志被排挤出了第1军，我也被免去了在黄埔军校的职务。有些则把名单交给了蒋介石。党内也有少数不坚定的分子，从此投靠了蒋介石。”
事件发生后，中共广东区党委的同志们都非常气愤。负责人陈延年、周恩来、黄锦辉、聂荣臻等聚集到区党委讨论，大家认为蒋介石在政治上已经很反动，应当给予坚决反击或把他干掉。这时，在广州的许多中共领导人如毛泽东等也有同样的看法。从当时的力量对比看，把蒋介石搞掉是完全有可能的。此时，蒋介石手中的王牌仅有第1军，况且这个军是黄埔教导团的底子，中共力量非常强，金佛庄、郭俊两位团长都是中共党员，营以下军官中也有很多人是中共党员。其他的5个军，都不听蒋介石的招呼，而共产党员在这些军中有很大的影响，有4个军的军党代表是中共党员。聂荣臻回忆说：“虽然蒋介石兼第1军的军长，但真要打起来，他能指挥的力量是不多的。此外，在黄埔军校，我们也有很多党团员，黄埔学生中，大部分是支持我们的。省港罢工队伍，当时还没有解散。力量对比，很明显，于蒋介石不利。但是，由于我们事前毫无思想准备，在错综复杂的矛盾面前，被迫妥协下来。”（《聂荣臻回忆录》上册，47～49页，北京，战士出版社，1983）
周恩来在多年后回忆这次事件时也说：“如果这时党中央的政策是给蒋介石以有力的回击，毫无问题，事情是有办法的。但当时却采取了继续退让的政策，不了解蒋介石这时还没有足够的力量，他是不敢分裂的，却以为蒋介石是要分裂，就向蒋介石说这是误会。蒋介石于是趁机立刻放了人，表示误会。这是陈独秀右倾机会主义第二次向蒋介石的大让步。这是军事上的大让步。为了解释‘误会’，在汪精卫床前开了一个一点钟的政治委员会。汪精卫、谭延闿、苏联顾问都客气地表示了歉意，而蒋介石倒反而一句话都没说，精神上占了优势，政治上得到极大成功。从此以后，汪精卫‘失踪’了，国民党左派束手无策。蒋介石向革命进攻，我们没有给他有力的回击，蒋介石的地位更加巩固了……蒋介石实际上成了国民党的右派。这个时候，他乘机把广东的青年军人联合会和孙文主义学会解散了，并压迫我们的党员从国民革命军第1军以及黄埔军校撤出。我们已经暴露了的党员退出国民党和第1军的有250多人，其中有蒋介石最得意的学生蒋先云同志，他第一个声明退出国民党。只有39个人退出共产党，其中第一个就是李默庵。”（《周恩来统一战线文选》，第62～63页）
讲话悲伤时的蒋介石事变后的第四天晚上，黄埔军校第4期学生集合在校本部大礼堂，听校长蒋介石训话。蒋介石指着“亲爱精诚”4个字的校训，说：“如果本校长不革命、反革命，同学们就应该打倒我。”最后，蒋介石两只眼睛注视着全体师生，问对他的讲话有什么意见没有？这时从政治科第2队的队伍中冒出个湖北口音的学生王襄，高声喊道：“请问校长，你只要我们精诚团结，试问：我们最亲爱的廖仲恺党代表被帝国主义和一小撮反动派刺死了，我们的汪精卫党代表到哪里去了呢？”这一义正词严地发问，使全场为之一惊。蒋介石一下子面红耳赤，过了一会儿，他叫侍卫官将提出质问的学生的名字记下来，淡淡地说：“汪党代表有病，入医院了，不久就会出来的。”
蒋介石避重就轻没有谈“中山舰事件”，此时他心中非常明白，这个由孙文主义学会分子挑起的事端正符合他的本意，尽管他没有直接参与策划这次事件，但他正好借机利用这次事件，把国共关系破裂的罪名强加到共产党人的头上。所以，他在黄埔军校“总理纪念周训词”中说：“3月18日中山舰案，是与中国共产党本部没有关系的……我绝不承认3月18日那天的事件，共产党有什么阴谋在内……所以今天，我可以明白：3月20日的事件，完全与共产党团体是没有关系的。”“此事并且当时我曾声明：若要3月20日这事情完全明白的时候，要等我死了，拿我的日记和给各位同志答复质问的信，才可以公开出来。那时一切公案，自然可以大白于天下。如果我冤枉别人家来提高自己人格的——那样的人，绝不是革命党员，更不配做本校的校长。”（中央军事政治学校政治部编《蒋校长演讲集》，1926年出版）
“中山舰事件”的当事人之一王伯龄在事后的回忆中也说道：“当中详细惟鄙人与蒋先生二人知之，未待蒋先生许可，我固不敢披露，而蒋先生对学生训话，有如果要知道此回事变真相等，我死后，看我的日记，于此可以判断这次事件性质之重大，绝不是宣传为中山舰事件者比。中山舰云者，烟幕也，非真历史也。而其收功之总枢，我敢说，是孙文主义学会。若没有学会的话，党老早没有办法了。学会能立这点功，也不枉这些对党热心效忠的同志，我们也够本了，过河不用舟了。”（《黄埔季刊》第1卷第3期，1938年出版）王伯龄在此所说的“过河不用舟”之桥梁，即正是蒋介石欲除共产党人而颇费多年心思正在寻找的“清党”借口。
蒋介石以“中山舰事件”为突破口，得以“顺水推舟”，把屠刀首先指向黄埔军校中的共产党人。
黄埔岛上的“清党”杀戮
“中山舰事件”发生后仅半个多月，4月，中国青年军人联合会和孙文主义学会相继宣布解散，但双方的斗争反而更加扩大。5月，蒋介石在国民党二届二中全会上提出了限制共产党的所谓“整理党务案”。此决议案中最重要的一条，就是“不许跨党”，“党内无党、《黄埔生活》周刊第4期刊登的鲁迅来校讲演记录稿校内无派”。6月，蒋介石在军校里公开发表反共讲话，要共产党人退出国民党，要共产党员官兵声明自己的身份。同时，他又组织“黄埔同学会”，自任会长，以原来“孙文主义学会”的骨干把持会务，秘密调查共产党员的活动，排挤“黄埔同学会”中的共产党员。
随着北伐战争的胜利进行，军校两种思想和势力的斗争更加激化，并逐渐扩大到所属各分校和东南各省中去。黄埔军校部分革命师生曾向蒋介石发表公开信，表示要掀起一个“救校长运动”，要求蒋介石收敛其反共行为。可是，蒋介石却进一步与帝国主义勾结，悍然在上海发动了“四·一二”反革命政变。接着，蒋介石相继发出《饬黄埔学生不可妄有发言和越轨行动令》、《黄埔学生停止开会令》等文告。
也就在黄埔军校面临蒋介石的血洗杀戮前夕，适逢大文豪鲁迅先生造访军校。1927年1月18日，鲁迅先生离开厦门，乘船到达国民革命的中心广州，受聘担任中山大学文学系主任。这年9月27日他返回上海，前后在羊城生活了8个月又10天。在此期间，鲁迅受邀前往黄埔军校作了一次演讲，这也是他一生中惟一一次造访黄埔军校。那时，黄埔军校留守政治部主任熊雄看到报纸上刊载有关鲁迅先生到中山大学任教的消息后，产生了邀请他来军校做演讲的想法。几天后，当熊雄把这件事与政治部的同事孙炳文、刘弄潮商议时，3人一拍即合。1月25日，刘弄潮上门拜访鲁迅，在简单的寒暄后，马上就把话题引到演讲事宜上来。当时正值国共两党合作破裂前夕，鲁迅初听后有些顾虑，他说：“现在去，怕起不了多大效果。”刘弄潮随即解释道：“黄埔同学，尤其是现在的第5期，有许多是过去的大学生，都听过你的课。”如此一来，打消了鲁迅先生的顾虑。鲁迅表示：“革命需要我，我就去，权在革命方面，不在个人方面。”
4月8日，鲁迅在好友应修人等陪同下，前往黄埔军校本部礼堂，做了大约两个小时的演讲，题目为《革命时代的文学》。在演讲中，鲁迅通过生动的比喻，旁征博引，精辟地论述了“革命时代与文学的关系”和“革命武装斗争的重要性”两大主题。面对近千名翘首以盼的莘莘学子，鲁迅掷地有声地演说，博得了黄埔师生们经久不息的掌声。听了鲁迅的演讲，大家无不感到热血，群情激奋，爱国革命的热情油然而生。几天后，演讲稿经誊录整理，被印行在黄埔军校的校刊《黄埔生活》第4期上，这又引发了军校内外更大范围、更深层次的震撼和思考。也就在鲁迅于黄埔军校演讲的4天之后，蒋介石在上海发动了“四·一二”反革命政变。
政治教官萧楚女黄埔军校内沉闷的空气，预示着暴风雨即将到来。
清明时节，珠江江面上雾气正浓。黄埔军校正门的尖顶门楼上，孤悬着的国民党元老谭延闿手书的“陆军军官学校”木匾，看上去朴素到近乎荒凉的意境。在这道欧陆风格大门背后，正沉睡着一部关于理想和忠诚、奇迹和躁动、阴谋和杀戮的传奇。中国两大政党之间充满变数的纠葛，如同历史基因链的双螺旋，任何一个小小的突变，都可能彻底改变未来中国的面貌和国人的命运。
浑黄的珠江，血色的黄埔。
撕裂国共两党合作的枪声，由远而近，还是不幸地炸响在黄埔岛的夜空。军校政治教官杨其纲、中共黄埔特支负责人之一安体诚等，4月15日凌晨在其他学生掩护下已逃至广州市内，后被邓文仪秘密侦查后逮捕，几日后即与韩麟符、尹沛霖等一起押赴刑场枪决。黄埔军校政治教官、著名的共产党人萧楚女因肺癌晚期已生命无多，正在广州东山医院治疗。钱大钧秉承蒋介石的旨意，派部队前往医院指认后，不由分说，将萧楚女从病床上强行拖下，先在医院的走廊里打得口吐鲜血不止，犹觉不解恨，竟残忍地用绳索将萧楚女双脚捆绑，倒挂在汽车的尾部，发动汽车飞驰，直至将萧楚女活活拖死。
4月18日，黄埔军校实行“清党”，400多名共产党人被逮捕，著名共产党人熊雄等又惨遭杀害。有关三大政策和马列主义课程科目一律禁止，恽代英、萧楚女等在军校撰写的著作和讲义全部被查封，军校出版的革命刊物被停刊或改版进行反共宣传。鸦片战争时期的两广总督林则徐，为抗击英帝国主义的侵略而修筑的古炮台，如今成了专门关押黄埔军校各期被捕共产党员师生的场所。炮台分地上地下两层，地方狭小，但皆以半米多厚的花岗石砌成，十分坚固，成为南石头监狱。
由于被指控、逮捕的人数越来越多，共产党员师生，包括许多事实上的非党员而只是稍有进步表现，甚至只是偶尔接触过《向导》、《共产主义abc》等革命书籍的，一经检举，即被捆绑投至南石头监狱。自4月18日开始清党之日至7月15日，汪精卫在武汉也向共产党人举起屠刀，短短3个月内，黄埔军校的日常教学、训练被迫陷于全面停顿，遭受审讯、迫害、摧残的各期师生迅速增至2000多人。后来，南石头监狱里实在关不下了，又将珠江江心一艘破烂的旧军舰经过改造后作为监狱，即外界所称的“水牢”。
被誉为国共合作典范的黄埔军校，在革命的道路上画上了休止符。对此，刚刚在黄埔军1927年鲁迅先生（前右）在广州校演讲过的鲁迅先生听说后，非常难过，他在给好友章廷谦的信中，不无感伤地写道：“黄埔学校已停办，截至今日止，如此而忆……大概很与政局相关的。”
在中国共产党的领导下，黄埔军校的革命师生同国民党反