不久，神农因为吃百草时，服下了断肠草，肝肠寸断而亡。因为他舍己为人的行为，他被伏羲封为药神。姜族顿时群龙无首，发生了分裂，稷带着一部分人迁往了西部。而九黎部的蚩尤则成了姜族首领，他是火神祝融之孙，人身牛足，四眼六臂，还发明了冶炼金属和打造兵器之法，实力越发雄厚。
炎黄两族为争夺霸权，不可避免地发生了矛盾。双方于是在阪泉大战，伯父部巨人为姜族先锋，黄帝于是首先通过父亲土神社向水神共工请来了水龙应，在冀州阻击他们，杀死了大量的伯父部族人。哪知蚩尤却通过稷请来雷神丰隆的好友风神飞廉和雨神赤松，纵起了一场暴风雨，应龙不敌败下阵来。这下两族的战争变成了众神之间的大战。黄帝之后请来了旱神魃，使狂风暴雨一下子都消失得无影无踪。可九黎部个个头戴有角的头盔，神勇无比。姬族不敌，黄帝于是杀死一头形状象牛，身子苍灰色，头上没有角，只有一只足的怪兽——夔，并用它的皮和骨头做了面大鼓，使得己方士气大振，猛攻姜族。
然而蚩尤的手下刑天、郁垒和勇猛非常，将姬族打退。黄帝只能亲自迎战他们，他将郁垒神荼杀死，并砍下刑天的头，可刑天是神农之孙，也是半神之躯，他以双乳作眼，肚脐作口，右手持斧，左手持方盾，仍奋战不已。黄帝于是将他的头埋进常羊山中，刑天不得不倒下了。
蚩尤见状，发起了大雾，暂时撤退。然后请来诸多鬼怪。大鹗是形体像大鹏，白头、红嘴、虎爪，还会把战乱带向人间。钟山山神的儿子鵕，则是一种外形象枭、脚为红色、身体黄色、头部白色，鸣叫的声音象天鹅，会带来旱灾的怪鸟。还有海神禺疆的五个疫鬼儿子。第一个是住在大江专门让人发寒热，打摆子的疟鬼；第二个是住在若水的，象三岁娃娃，喜欢模仿人说话声音迷惑他人的魍魉；第三个是住在人们屋里，喜欢恐吓小孩的小儿鬼；第四个是住在西方荒野，形状象虎，毛有两尺长，人脸，虎足，猪嘴的，身长一丈八尺的梼杌；第五个是喜欢穿破烂衣服，喝稀饭汤的瘦筋筋的送穷鬼。
蚩尤还利用漫天弥漫的大雾对黄帝多次袭击，黄帝接连战败，只好回到太山重去休整。这时，一个长着人头鸟身的妇人出现在黄帝面前，原来她就是圣兽凤凰，她从阳神伏羲那学习了八卦之术，从而推演出战法。她想早日结束这场大战，于是将战法传给了黄帝的大臣风后，风后从中布下了衍握奇图和军阵。凤凰还教会黄帝制作指南车，走出了大雾。
姜族被姬族突袭，溃不成军，只有蚩尤奋战到底，被黄帝斩杀。